Inscrit aux Monuments Historiques en 2013.
À la suite des conflits liés à la gestion du port, des procès de sorcelleries de 1609 et face à la présence des morisques et juifs expulsés d’Espagne, des frères Récollets sont appelés en 1611 pour pacifier les relations entre les habitants. Au milieu du port, sur une île inexploitée reliée au pont desservant les deux cités, les frères de l’ordre réformé des franciscains établissent leur couvent à partir 1613. Le choix de la stricte observance franciscaine et son vœu de pauvreté se traduit ici par un ensemble conventuel imposant d’une grande sobriété. L’édifice abrite toutefois des éléments plus fastueux avec deux salles décorées de fresques, un retable baroque déplacé dans l’église de Ciboure à la Révolution ou encore l’ingénieux puits-citerne offert par Mazarin à la suite du mariage de Louis XIV. En 1791, les frères Récollets sont expulsés puis le couvent servira tour à tour de caserne, prison et magasin de fourrage avant de devenir bien national au début du XIXe siècle. En 1821, le cloître abrite le service des Douanes et, à partir de 1900, la chapelle est aménagée en atelier de salaison. Après le départ des Douanes en 2007, le couvent des Récollets fait l’objet d’une étude de restauration pour créer un centre d’interprétation de l’architecture et du patrimoine.